Đến nay hai nước đã ký 13 Hiệp định hợp tác trên nhiều lĩnh vực như kinh tế, thương mại, khoa học kỹ thuật, hàng không, đầu tư,bưu điện và viễn thông, ngân hàng, du lịch,thanh niên, thể thao và nhiều Bản ghi nhớ (MOU) hợp tác khác. Trong chuyến thăm chính thức Ma-lai-xi-a của Thủ tướng Phan Văn Khải 21-23/4/2004, hai nước đã ký "Tuyên bố chung về khuôn khổ hợp tác toàn diện trong thế kỷ 21". Năm 2015, hai bên nâng cấp quan hệ lên Đối tác chiến lược. Tháng ​12/2023, tại Hà Nội hai bên ký kết MOU về hợp tác quốc phòng.